洛克人3，由8个常规选择关卡、4个BOSS正体不明的选择关卡、1个与Breakman对决的关卡、6个崴利要塞关卡构成，共计19关卡。显而易见，洛克人3的关卡数量与BOSS战数量之多，在系列里屈指可数。
洛克人3在前作基础上增加了滑铲动作，主角站立状态时，{方向下+跳跃键}实现滑铲动作，滑铲的向前移动速度比步行快，而且可以通过一些狭窄的通路，钻过某些敌人的攻击。
红色机械犬Rush登场，以后的元祖洛克人系列，Rush一直是主角的辅助机械、得力助手。
洛克人3主角携带E缶数量增多，达到9个，相比之下，洛克人2主角最多只能携带4个E缶。
?罐登场，受到攻击后随机出现某种物品（以下六种物品随机出现其中一种：生命能量小、生命能量大、武器能量小、武器能量大、1up、E缶）。后续作品里，比如洛克人4，?罐被宝箱型机器人『エディー(Eddie)』取代，作用得到继承。
特殊武器选择画面里使用两个字母为武器命名(估计是为了防止武器重名)，而且有了武器图标，选择武器时更加方便。
主角爬梯子的速度提升了，而且从高处落下时，徐徐下落，不受重力加速度的影响。
洛克人3操作方法和前作洛克人2大体一致。洛克人3主角增加了滑铲，同时按{↓+跳跃键}发动。
洛克人3主画面中按Start键弹出的俗称主菜单的画面，官方说明书称之为“Cockpit画面”，本质上与洛克人1、洛克人2里的“武器选择画面”功能一样，用来切换特殊武器，使用各种物品。
洛克人3的密码输入框共有36个格子，比洛克人2的密码多了1行与1列，而且洛克人3放入格子的芯片分青红两种颜色，FC手柄A键用来放入与取出芯片，FC手柄B键用来修改芯片颜色。完成密码输入后按B键，然后按方向键把光标移至END，按A键让密码生效。
