在合金弹头5中，玩家需要完成一些特定的条件或通过特定的方式才能解锁隐藏关卡。以下是各个隐藏关卡的解锁方式。
合金弹头5中的隐藏关卡解锁方法：
1. 迷彩企鹅之谜：在第一关下机场随机出现，可以通过踩住某个位置的数字按钮解锁。
2. 次元门潜入：在第一关下A中嗑药，瞬移到一列列火车上，到最后瞬移区前岔路口向右潜行进入即可。
3. 暗黑的地下墓穴：在第三关下B的中途，击败一群黑衣守卫后便可开启激光门。
4. 超时空战斗机：在第四关下B结束之后，进入新开启的秘密基地，找到并摧毁地图上标有“??”的建筑即可。
5. 崇高的迷宫：在第五关下B结束后，找到唯一的突出地形并通过，之后面对Boss即可。
6. 海龙王的秘藏室：在第七关下B结束后，打败Boss后跳入龙头口进入，注意要持续不断的上移。
7. 火山基地前线：在第九关下B结束后，找到一个躲避火墙的洞口，进入后必须带着一把塞在洞口的较长武器，否则死亡。
8. 神秘的地下城市：在第十二关下A的终点，用导弹或者长枪打破地面，然后进入新开的通道即可。
9. 失落的沙漠遗迹：在第十五关下B结束后，调查某些机关即可找到隐藏关口。
10. 电子岛秘境：在第二十关下B的中途，一边开车一边闯过路障，跳下悬崖即可。
